MTs YPPD menyelenggarakan beragam kegiatan ekstrakulikuler di tiap satuan pendidikan sesuai usia dan tingkat perkembangan peserta didik. Ekstrakulikuler wajib adalah pramuka. Ekstrakulikuler olahraga, seperti: karate, volley, futsal, bulu tangkis, dan sepak takraw. Ekstrakulikuler seni, seperti: hadrah, marawis, qasidah, tari saman, dan drumband. Paskibra dan tata boga juga bisa menjadi ekstrakulikuler pilihan. Semua kegiatan tersebut bertujuan untuk pengembangan minat dan bakat serta keterampilan peserta didik.